A szám szerint hét ellenőrző rendszer segítségével a bioüzemanyag előállítását követhetik figyelemmel. Legfőbb cél, hogy olyan termelést találjanak, mely egyáltalán ne terhelje le a környezetet és gyakorlatilag teljesen fenntartható legyen.
Az Európai Unió brüsszeli végrehajtó testülete kiadott közleményében felhívta a figyelmet arra, hogy a bioüzemanyagok csak akkor jelenthetnek alternatívát a fosszilis eredetű üzemanyagok kiváltására, ha előállításuk teljesen környezetbarát, vagyis gondoskodni kell róla, hogy a tőzeglápok, illetve esőerdők ne tűnjenek el és helyükön ne ékeskedjenek pálmaolaj- és cukornád ültetvények. Igazi eredményeket pedig csak abban az esetben lehet felmutatni, ha a bioüzemanyagok használata valóban környezetbarát és felhasználásuk lényegesen kisebb káros anyag kibocsátással jár, mint hagyományos társaiké.
Az újonnan elismert rendszerek a fenntarthatósági kritériumokat ellenőrzik. Az ISCC, Bonsucro EU, RTRS EU RED, RSB EU RED, 2BSvs, RSBA és a Greenergy ellenőrző rendszerek hivatottak megakadályozni, hogy a biológiai sokszínűség szempontjából kifejezetten értékes, vagy nagyobb kötöttszén-készletekkel rendelkező földterületeket átállítsák a bioüzemanyagok alapját képező növények termőterületévé.
A szabályozás azért is kiemelt fontosságú, hiszen csak általa lehet elérni a 2020-ra az Európai Unió által kitűzött tíz százalékos bioüzemanyag részarányt.